为建立研究生培养质量长效保障机制，培养高素质创新性人才，根据教育部及上海市教委相关部署，上海大学自2008年起开始逐步推进研究生培养机制改革的调研和各项准备工作，并逐步实施了一系列与培养机制改革密切相关的基础性工作。2011年3月，上海大学正式颁布了《博士研究生培养机制改革方案（试行）》，全面启动以提高培养质量为目标的博士研究生培养机制改革。
一、充分酝酿准备，逐步推进研究生培养机制改革的核心内容，为改革的顺利实施奠定基础
经过近3年的酝酿准备，上海大学逐步探索了在研究生培养方面的新举措，为学校整体的博士研究生培养机制改革奠定基础。
第一，建立导师资助和博士助研工作的基本雏形。学校于2008年出台了《关于聘任研究生担任助研工作的管理办法（暂行）》，明确了为推进研究生培养机制改革，按照“按需设岗、按岗聘任、加强考核”的原则，鼓励导师（课题组）积极聘任博士研究生担任助研工作。原则上每月资助600元，其中学校支付300元，导师（课题组）支付不低于300元。
第二，建立以提高培养质量为导向的专项资助方式。学校于2008年制定了《研究生创新能力培养实施计划 》。2008年度，共有67个硕士项目、109个博士项目入围最后的评审。经专家组评议，最终确定24个硕士项目、71项博士项目获得资助，资助金额150余万元。2009年度，扩大研究生创新基金的资助范围，使硕士生覆盖面达到20％，全日制博士生覆盖面达到70％，投入资金300余万元。2010年度，再次投入约300余万元，资助硕士项目423项，博士37项。
2009年，学校下发了《关于设立研究生短期出国访学及参加国际会议资助基金的通知》，积极组织资助研究生分赴美国、日本、英国、澳大利亚、德国、意大利等地学习、交流，2009年投入经费44.1万元，2010年，投入经费54.7万元。
第三，初步确立了以科研为导向的博士名额分配制。2010年，学校下发了《关于“以科研为导向配置博士招生名额”的通知》，研究生部会同科研处、文科处制定了《上海大学博士生名额分配标准》，明确了学校整体统筹、名额切块、各院系博士名额的具体分配原则等内容，并规定“无科研项目的博士生导师原则上不能招收博士生”。
二、聚焦于提升质量，全面启动博士研究生培养机制改革
2011年3月，学校颁布了《上海大学博士研究生培养机制改革方案（试行）》，正式启动了博士研究生培养机制改革工作。改革的指导思想是进一步适应建设创新型国家发展战略需要和上海大学建设国际知名、国内一流的综合性研究型大学的现实需求，目的在于确立导师负责制和资助机制，合理配置教育资源，构建博士研究生教育质量的长效保障机制，提高博士研究生培养质量。
具体而言，学校主要从四个方面着手，积极探索实施博士研究生培养机制改革，努力构建博士研究生教育质量的长效保障机制，以培养高素质创新性人才。
第一，以科研需要为导向，合理调控博士研究生招生名额。
学校根据“以科学研究为导向，合理配置博士生招生名额”原则，引入竞争与激励机制，按科研需要合理配置博士生招生数量。每年招生前，学校根据各学科的科研项目等因素进行宏观名额配置，然后由学院综合考虑导师科研项目、科研经费、科研水平与学术影响力，以及导师培养博士生的质量等实际情况，制定导师年度博士招生指标分配方案。最后由学校对学院申报的配置名额进行全校调控。
第二，扩大导师在博士研究生招生过程中的自主权。
学校通过进一步理顺导师和研究生之间的关系，明确责任和权利，在满足学校基本录取条件的基础上，逐步扩大博士研究生复试权重比例，提高导师选拔人才的自主权。
第三，深化博士研究生奖助体系改革。
学校积极落实以科学研究为导向的导师负责制和资助制度，完善博士研究生的奖助体系。学校通过统筹多种资金，包括政府财政拨款，校、院（系）专项资金，导师配套经费以及社会捐助资金等，构建新的博士研究生奖助体系。新体系由生活津贴、助研津贴、学业优秀奖学金等构成。同时，加强博士研究生培养质量考核，由学院对博士研究生按学年进行定期考核，考核内容及方式由学院和导师共同制定，考核情况与结果报校研究生部备案。依照考核结果评定奖助学金等级，其中一等奖每月资助金额为2000元，二等奖每月资助金额为1800元，如考核不合格则没有资助。在实施上述奖助学金资助体系的同时，导师可根据实际情况另行追加科研资助及奖励。
第四，明确博士研究生导师提供科研资助费用制度。
根据以科研为导向的导师负责制原则，学校明确提出，导师招收研究生需提供一定的科研资助费用，招生人数不同，导师提供的费用也不同。在基本指标（每年1个博士研究生）内招生，基本费用主要由学校提供。导师可根据科研项目的需要，增加招生人数，但随着招生人数的增加，导师提供的费用也相应增加。同时，因为学科门类之间的差异，不同学科领域的导师所提供的科研资助费用有所不同。比如招第一个博士研究生时，文史类学科的导师每年需提供1200元，法、理、管类学科的导师每年需提供1800元，工科类导师每年需提供3600元。之后每多招一个，导师每年提供的费用就在原来的基础上增加3600元。且导师需在每年招生前，及时将科研资助费用转入学校指定账户，否则，将限制其相应的招生指标。
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