事实上，从目前试点的一些高校来看，研究生求学成本是“明升暗降”，很多学校采取奖助学金制度，资助优秀研究生的学费和生活费。“其实自掏腰包读研究生的学生，非常非常少。大部分研究生都能拿到相当于学费全免的奖学金。”北京师范大学一名研究生告诉记者。
据了解，试点高校普遍都实行了“导师资助制”以及“助学、助研、助管”制度，让导师从课题经费中拿出一小部分资助学生，学校设立“三助”岗位，使研究生参加科研、教学和管理工作，同时得到部分生活补助。在同济大学，80%以上的全日制硕士研究生可获得“三助”岗位及其津贴。
然而，记者也查阅了有关文献，当前研究生学费及生活经费的来源主体是“家庭支出”。北京大学教育学院鲍威副教授2010年针对试点高校展开的一项调研显示，硕士研究生最主要的经费来源依然是“家庭支出”，占53.2%，其次是奖助免收入(包括奖学金、助学金、学费减免、“三助”岗位收入)，另有相当一部分收入必须依赖于助学贷款、校外勤工俭学收入，占到16.1%。
为此，也有学者担忧，研究生收费制度，可能将一部分有天赋、希望继续深造的优秀学子拒之门外。别敦荣告诉记者：“毕竟研究生收费不是一个小数目。事实上，此项政策推出后，已经有学生由于经济问题，正在考虑放弃考研。”
不过，卢卫东也提出：“当前优秀人才相对短缺，各校对于优秀的研究生生源还在积极争抢，加之高校研究生资助系统日益完善，如果一个西部孩子真的品学兼优、极具科研潜力，难道会有学校真的仅仅因为经济原因就将其拒之门外？我想即使是清华、北大也不会做这样的傻事。”
是否加剧普通高校与重点高校的分化
地方高校吸引力将减弱，应调整定位办出特色
很多学者认为，研究生实行全面收费改革，有可能导致普通高校与重点高校、冷门专业与热门专业之间的两极分化。
别敦荣告诉记者：“早在前几年，部属高校推行研究生教育收费制度改革试点时，很多家庭经济困难的学生，承担不了较高数额的学费，就会选择依然招收公费生的非重点院校。但是全国一律取消公费生以后，非重点院校对优秀学生的吸引力会急剧下降。现在网络上已经出现‘我们为什么还要报考一般大学’的争论，这可能导致非重点院校招生困难。”
记者了解到，公费确实成为部分非重点院校招揽生源的重要途径。2012年，上海理工大学对计划外学生实行补贴，实现研究生全部公费，当年的报考人数上涨了30%。在专业调剂时，申请调剂到全公费专业的人数“爆满”。
21世纪教育研究院副院长熊丙奇对媒体表示，部属高校、重点高校集纳了较多的国家投入和优势的办学资源，在实行收费的同时，往往有能力建立奖助学金体系，优化研究生选拔、培养机制；相比之下，普通高校、地方高校用奖助学金覆盖研究生教育的能力有限，提供的资助机会和力度都会受到影响。
对此，曾在广西教育厅学位办工作过的百色学院副院长常军胜深有体会。他告诉记者，除去东部个别地方高校，绝大部分地方高校研究生的生均事业经费拨款金额都严重低于部属高校，地方高校获得社会资源的能力也较差。这样的经费水平，恐难以保证地方高校建立完善的资助体系。
此外，地方高校也难以像部属高校那样，“建立以科研为导向的导师负责制和导师资助制”。常军胜说，他曾经看过一份调查报告，中部地区某高校2008年硕士生导师人均只有0.34个课题，相当于每3位硕士生导师中只有一位有科研课题。这样的情况，恐难以建立有效的导师资助制，让学生有效参与到科研中来。
“因此，对于地方高校而言，一方面要建立健全地方高校研究生教育经费保障体系，另一方面要调整研究生教育的定位，要适度发展学术型研究生教育，大力发展专业学位研究生教育，培养区域经济发展所需的高层次应用型人才。”常军胜说，“这样地方高校研究生教育才能充满生机活力，才能办出特色与水平。”
还有学者认为，研究生收费制度改革，可能会对冷门专业造成一定的冲击。别敦荣提出，在“双轨制”阶段，相关部门还可以通过增加冷门学科专业的公费生比例，提升冷门专业的吸引力，而当这些专业取消公费以后，考生有可能失去报考动力，导致冷门愈冷的情况。“对某些学科，包括基础学科和高危艰苦行业相关的专业，应该有所扶持，起到调节和平衡研究生学科专业结构的作用。”
而在卢卫东看来，研究生学费与资助政策改革，恰好为我们提供了一个优化研究生学科结构的好机会。“以历史专业为例，现在历史学博士点太多，而信息时代所需的计算机科学博士点却太少。这项改革有利于淘汰那些就业率低、市场不需要而导致招生困难的专业，建立适应我国经济建设和社会发展需要的研究生教育学科结构规模调节机制。”
能不能推动研究生培养质量的提高
有助于增强学生积极性，但仍需配套措施跟进
研究生收费改革，被很多学者寄予厚望，认为其能够成为研究生培养机制改革的突破口，增强学生学习积极性，提高研究生教育质量。熊丙奇就曾指出：“奖学金机制完全可以产生‘鲇鱼效应’，盘活研究生教育。”
熊丙奇认为，学校根据学生的求学情况，动态评定奖学金，能激励学生努力求学，而不是在学校里混日子，这样能形成学生强、学校更强的良性循环。
事实上，从学生的反馈来看，研究生收费的改革确实打破了以往“吃大锅饭”的格局。北京师范大学2011级文艺学硕士吴健表示：“这是一件好事，提高了我们的积极性，有利于多出成果，改革的结果是‘能者多得’。”
陈铭泉(化名)是同济大学2009级传播学硕士研究生，入学时只获得了二等奖学金3000元，个人还需要负担其余7000元学费。入学后，他严格要求自己，不仅专业课上表现突出，还发表了一些学术成果。二年级时，陈铭泉以优异的成绩和表现获得了一等奖学金一万元。“过去一考定终身的收费方式，确实存在部分学生混日子的现象，也打击了那些刻苦学习学生的积极性。”陈铭泉深有感触地说。
研究生收费制度改革，不仅激发了学生的积极性，还激发了导师培养学生的责任感。鲍威副教授2009年的调研显示，在试点高校中，奖助力度对学生学科成绩的提升具有显著的正向影响，这说明奖助金体系对提升学生学业表现具有显著成效；研究生获得资助的力度对导师重视科研能力培养具有显著的促进作用，这反映了奖助体系中对导师课题经费出资责任的强化，有效地促进了导师对提高研究生科研能力的重视，激励了导师的科研指导责任。
华东师范大学韩映雄副教授2010年对参加研究生培养机制改革院校和未参加院校进行了对照研究，调查发现，培养机制改革对学生课堂参与意识、课外学习时间有显著影响，参加改革院校比未参加改革的院校研究生课堂参与意识强烈，学生课外学习时间也显著增加，对学业成绩更为重视。
不过，两位学者的实证研究也显示，研究生收费制度的改革，并没有对学生科研和学术能力的提升产生显著影响。韩映雄发现，参加改革院校与未参加改革院校在学生论文发表数量上没有显著差异。鲍威也发现，收费制度的改革，对学生创新能力的提升没有显著影响。
这一点，在作为硕士、博士研究生导师的别敦荣那里也得到了印证。他感觉，改革前后，研究生的学业表现和科研创新能力，并没有实质性的提升。
“研究生教育收费制度改革，跟研究生培养机制改革，提高研究生培养质量有一定的关系，但并不是直接的正相关的逻辑关系。”别敦荣指出，并不能说从公费改成收费，研究生学习表现就一定能得到改善，科研创新能力就一定能得到提高。研究生教育收费制度改革只是研究生培养机制综合改革的一环，要提高研究生培养质量，还需要出台一系列与之相适应的培养政策。配套政策的缺失会影响改革的推进。
北京大学教育财政科学研究所所长王蓉在2012年发布的《关于改革我国研究生教育投入体制机制的政策建议报告》中也明确提出，研究生培养机制改革的根本点是科教结合，将研究生的培养与科学研究相结合，与导师的科研课题相结合。在研究生教育质量较高的美国和英国，给予学术型研究生的政府拨款主要整合在其科研拨款体系中。
王蓉指出，目前推行的“全收费、全拨款、‘高而广’资助”的模式，尽管能够解决学校办学经费不足的问题，但并未对当前我国研究生教育的核心质量问题——科教结合不足的问题提出具体解决办法。当前，研究生教育在筛选、发掘、培养人才方面都遇到很多挑战，投入机制体制的改革，必须针对这些挑战提出整体性的应对方案。
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