经教育部批准，2003年起，除福建师范大学和福建中医学院外，福建省又有厦门大学、集美大学、福州大学、福建农林大学(将改名为福建科技大学)、福建医科大学、华侨大学等六所高校有权单独招收台湾学生。

面向台湾生的招生考试每年举行二次，分别为一月五日至六日及八月六日至七日。考试采用“3＋X”命题方案，文史经济类、理工类和中医药学类考生均参加语文、英语、数学三门考试，之后根据考生所报考的专业，由录取院校在历史、地理、物理、化学、生物中任选一门学科进行加试。考试由福建省单独招收台湾学生考试中心命题，录取名单于考试之后二周内公布。录取院校负责寄发《入学通知书》。

此外，台湾考生也可通过“全国普通高校联合招收华侨、港澳地区及台湾省学生考试”报考福建省八所高等院校。

福建省是全国最早招收台湾生的省份，从一九八五年至二00一年，全省高校共招收台湾学生二千四百多人。

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