A、对申某的处分，既可由某县政府决定，也可由某县政府的上级政府决定

B、对申某处分的办案期限为自批准立案之日起最长不得超过12个月

C、对申某处分案件的调查应由两名以上办案人员进行

D、对申某处分决定应经任免机关领导成员集体讨论决定

【正确答案】 BCD

【答案解析】 选项A错误。《公务员处分条例》第三十七条规定，对地方各级人民政府工作部门正职领导人员给予处分，由本级人民政府决定。其中，拟给予撤职、开除处分的，由本级人民政府向同级人民代表大会常务委员会提出免职建议。免去职务前，本级人民政府或者上级人民政府可以决定暂停其履行职务。

选项B正确。《公务员处分条例》第四十四条规定，给予行政机关公务员处分，应当自批准立案之日起六个月内作出决定;案情复杂或者遇有其他特殊情形的，办案期限可以延长，但是最长不得超过十二个月。

选项C正确。《公务员处分条例》第四十一条第一款规定，对行政机关公务员违法违纪案件进行调查，应当由二名以上办案人员进行;接受调查的单位和个人应当如实提供情况。

选项D正确。《公务员处分条例》第三十九条第(五)项规定，经任免机关领导成员集体讨论，作出对该公务员给予处分、免予处分或者撤销案件的决定。