2012年秋季开始，南昌大学全日制本科学生实行学分制收费管理，并实行“老生老办法、新生新办法”，专业学费由学校根据专业教学计划要求制定标准；学分学费最高标准为每生每学分80元。
南昌大学全日制本科学生学分制收费具体办法为：将原学费分为专业学费和学分学费两部分计收，两部分学费之和不超过现行收费标准总额。其中专业学费由学校根据专业教学计划要求制定标准；学分学费最高标准为每生每学分80元。
专业学费按学年收取，学分学费按学生所修每门课程规定的学分收取。学分由学校根据专业教学计划制定，并实行总量控制。计费学分具体为：四年制本科毕业生，文科为156至160学分，理工医科为160至164学分；五年制本科毕业生，医学为206至210学分，其他五年制专业为200至204学分。学生在规定毕业学分以外要求加修或跨专业选修的免收专业学费，可按所修课程的规定学分收取学分学费。
按照规定，在校期间转专业的学生，若转入专业的专业学费与原专业不一致的，学年中第一学期发生的按转入专业的专业学费计收；第二学期发生的各收一半。学生提前一学年修满学分毕业的，不再收取该学年的专业学费。在毕业学年的第一学期内修满学分毕业的减半收取该学年的专业学费。
学生因故退学、转学、出国等终止学业，专业学费退费办法按省教育厅、省发改委、省财政厅规定执行；学分学费按实际已修学分多退少补。 学生因病休学或参军保留学籍的，学生休学（服役）期间，不缴纳专业学费和学分学费。休学（服役）期满返校学习，按随读年级和专业标准收取学费。
实行学分制收费后，学校对考试不及格而不能取得该课程学分的学生给予一次免费补考机会。对补考后仍不及格，需重新学习该门课程的学生，按该课程的学分收费标准只收重修学分学费，免收专业学费。对因特殊原因经批准需延长修业年限的学生，按规定收取学分学费和专业学费。
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