围绕创新驱动战略，大力推动协同创新，吉林大学创新能力持续提升。2012年，学校新立项科研项目2300余项，自然科学和社会科学到校科研经费突破12亿元；获批国家自然科学基金项目近350项，经费2.95亿元；获重大研究计划、重大仪器设备开发专项、国家重大专项、“863”支撑计划各类千万级重大项目12项。

坚持顶层设计、突出特色的原则，吉林大学成立了长春化学前沿、低碳汽车、非常规油气资源勘探开发、高压先进科学研究、东北亚区域研究、历史文化遗产与北方民族及疆域、司法文明、出土文献与中国古代文明等8个协同创新中心。新增中草药育种与栽培国家地方联合工程实验室，新增复杂条件钻采技术、应用地球物理、东北亚矿产资源评价3个国土资源部重点实验室以及13个吉林省各类重点科研基地。学校获国家级科技奖励3项，获省部级科学技术一等奖18项。获中国专利奖优秀奖2项、发明创业奖优秀奖1项。发表科学引文索引（SCIE）论文1973篇（收录文献2172篇），工程索引（EI）论文1777篇，科学引文索引被引情况（SCI）被引用2674篇8724次。获得专利授权559项，含发明专利336项。学校《高等学校化学学报》、《高等学校化学研究》（英文刊）、《仿生工程学报》（英文刊）和《吉林大学学报（地球科学版）》，获“2012中国最具国际影响力学术期刊”称号，《吉林大学学报（工学版）》获“2012中国国际影响力优秀学术期刊”称号。学校有1个教育部创新团队、2个国家杰出青年基金、4个优秀青年基金获得批准。哲学社会科学重大项目立项取得新突破，高层次项目立项数量继续保持国内领先地位，2部书稿入选《国家哲学社会科学成果文库》，13部书稿入选《高校社科文库》，CSSCI收录论文数保持连续5年的增长势头。获立国家和教育部各类重大项目12项，创历史最高水平。全年共获立各级各类项目376项，实现年度到账6503万元，同比增长20.2%。

为提升服务区域经济发展的能力，学校还成立了吉林大学工业技术研究总院和吉林大学现代产业技术研究院，与学校国家大学科技园等部门协同分工，共同推进产学研合作。学校《服务吉林发展与东北振兴行动计划》以及长吉图开发开放研究进展良好，与大型企事业单位合作进一步深化。教育部、吉林省人民政府签署继续重点共建吉林大学协议，进一步加大与政府及大型企事业单位的合作力度，协助相关学科加入专业技术创新战略联盟，服务国家和地方经济社会发展的深度、广度和贡献度大幅提高。作为教育部“蓝火计划”建立的重点高校，与四平市政府共建技术转移中心，与徐州市政府共建“吉林大学徐州技术转移中心”。学校组织参加了第十四届深圳“高交会”，获得优秀组织奖、优秀展示奖。

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