2014年，中科院水生生物研究所计划招收学术型硕士研究生77名，专业学位研究生12名，其中生物工程8名，环境工程4名，实际名额以当年国家下达的招生数为准。此外，中科院水生生物研究所还计划招收少数民族高层次骨干计划研究生若干名。中国教育在线资料显示，中科院水生生物研究所各专业方向(含专业硕士)接受免试生，预计招收学术型或专业学位硕士免试研究生30名。
此外，中国教育在线了解到，中科院水生生物研究所现有中国科学院院士5人，博士生导师55人，硕士生导师42人。水生生物研究所2014年度硕士招生将按照国家规定进行研究生教育投入机制改革，对新入学研究生收取学费，同时将按照国科大完善后的研究生奖助政策体系执行对研究生的奖助金的发放，提高优秀在学研究生的奖助力度。
中科院水生生物研究所在读研究生除享受国科大的各类冠名奖学金外，中科院水生生物研究所还设立有丰厚的奖学金来奖励有优秀科研成果的在读研究生，其中，“海大奖学金”最高金额为6000元/人；“昌华奖学金”的最高金额为4000元/人。每年中科院水生生物研究所在研究生生活、活动方面的投入有1000余万元。现有在学研究生、博士后以及高访学者490余人。
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