在有关部门的支持下，教育部学位与研究生教育发展中心（简称：学位中心）按照教育部和国务院学位委员会颁布的《学位授予和人才培养学科目录》，对具有研究生培养和学位授予资格的一级学科进行整体水平评估（简称：学科评估），并根据评估结果进行聚类排位。此项工作于2002年首次在全国开展，至今已完成三轮评估。
第一轮评估于2002-2004年分3次进行（每次评估部分学科），共有229个单位的1366个学科申请参评。第二轮评估于2006-2008年分2次进行，共有331个单位的2369个学科申请参评。第三轮评估在95个一级学科中进行（不含军事学门类），共有391个单位的4235个学科申请参评，比第二轮增长79%。
第三轮学科评估历时一年，按照自愿申请参评的原则，采用客观评价与主观评价相结合的方式，所需数据由相关政府部门、社会组织公布的公共数据和参评单位报送的材料构成。通过对相关数据的公示、核查，同时还邀请了学科专家、政府部门及企业界人士进行主观评价，在此基础上形成最终评价结果。
本文为第三轮评估结果：
北京大学 全国排名第1的学科（16个）：
哲学、政治学、中国语言文学、外国语言文学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、地球物理学、力学、基础医学、药学、护理学和艺术学理论
清华大学 全国排名第1的学科（13个）：
力学、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、核科学与技术、环境科学与工程、城乡规划学、软件工程、管理科学与工程和设计学
清华大学-北京协和医学院（清华大学医学部） 全国排名第1的学科（1个）：
生物学
说明：结果显示生物学排名第一的学校名称为清华大学-北京协和医学院（清华大学医学部），与清华大学的学校代码均为10003。
中国人民大学 全国排名第1的学科（9个）：
理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、新闻传播学、统计学、工商管理和公共管理
中国农业大学 全国排名第1的学科（6个）：
农业工程、作物学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学和兽医学
北京师范大学 全国排名第1的学科（5个）：
教育学、心理学、中国史、地理学和生态学
武汉大学 全国排名第1的学科（4个）：
马克思主义理论、地球物理学、测绘科学与技术和图书情报与档案管理
上海交通大学 全国排名第1的学科（3个）：
机械工程、船舶与海洋工程和临床医学
南京大学 全国排名第1的学科（3个）：
物理学、天文学和地质学
华中科技大学 全国排名第1的学科（3个）：
机械工程、光学工程和公共卫生与预防医学
东南大学 全国排名第1的学科（3个）：
交通运输工程、艺术学理论和生物医学工程
中国矿业大学 全国排名第1的学科（2个）：
矿业工程和安全科学与工程
中国科学技术大学 全国排名第1的学科（2个）：
物理学和地球物理学
中国海洋大学 全国排名第1的学科（2个）：
海洋科学和水产
中国地质大学 全国排名第1的学科（2个）：
地质学和地质资源与地质工程
中国传媒大学 全国排名第1的学科（2个）：
新闻传播学和戏剧与影视学
浙江大学 全国排名第1的学科（2个）：
光学工程和农林经济管理
北京中医药大学 全国排名第1的学科（2个）：
中医学和中西医结合
北京林业大学 全国排名第1的学科（2个）：
风景园林学和林学
北京航空航天大学 全国排名第1的学科（2个）：
航空宇航科学与技术和仪器科学与技术
西安交通大学 全国排名第1的学科（1个）：
工商管理
西南交通大学 全国排名第1的学科（1个）：
交通运输工程
国防科学技术大学 全国排名第1的学科（1个）：
软件工程
中央音乐学院 全国排名第1的学科（1个）：
音乐与舞蹈学
中央民族大学 全国排名第1的学科（1个）：
民族学
中央美术学院 全国排名第1的学科（1个）：
美术学
中山大学 全国排名第1的学科（1个）：
生态学
中南大学 全国排名第1的学科（1个）：
冶金工程
中国石油大学 全国排名第1的学科（1个）：
石油与天然气工程
同济大学 全国排名第1的学科（1个）：
土木工程
天津大学 全国排名第1的学科（1个）：
化学工程与技术
四川大学 全国排名第1的学科（1个）：
口腔医学
上海中医药大学 全国排名第1的学科（1个）：
中药学
南京信息工程大学 全国排名第1的学科（1个）：
大气科学
南京农业大学 全国排名第1的学科（1个）：
农业资源与环境
南京理工大学 全国排名第1的学科（1个）：
兵器科学与技术
兰州大学 全国排名第1的学科（1个）：
草学
江南大学 全国排名第1的学科（1个）：
食品科学与工程
华中农业大学 全国排名第1的学科（1个）：
园艺学
华南理工大学 全国排名第1的学科（1个）：
轻工技术与工程
河海大学 全国排名第1的学科（1个）：
水利工程
哈尔滨工业大学 全国排名第1的学科（1个）：
力学
复旦大学 全国排名第1的学科（1个）：
政治学
东华大学 全国排名第1的学科（1个）：
纺织科学与工程
东北林业大学 全国排名第1的学科（1个）：
林业工程
电子科技大学 全国排名第1的学科（1个）：
电子科学与技术
北京邮电大学 全国排名第1的学科（1个）：
信息与通信工程
北京体育大学 全国排名第1的学科（1个）：
体育学
北京理工大学 全国排名第1的学科（1个）：
兵器科学与技术
北京科技大学 全国排名第1的学科（1个）：
科学技术史
北京交通大学 全国排名第1的学科（1个）：
系统科学
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