James Cook大学设有7大学院：文学院、生化医学和保健科学学院、商学院、教育学院、理工学院、法学院和科学院。
院系专业：（本科和研究生）会计学，MBA，旅游管理学，应用科学，文学，生物医学，商科，社区福利，建筑管理学，经济学，教育学，土木工程学，化工学，计算机科学，电子学，电机学，环境工程学，机械学，信息技术，新闻学，法学，音乐，管理学，心理学，护理学，植物学，生化学，地理学，化学，工业化学，地质学，数学及统计学，海洋生物学，物理学，微生物学，动物学，生理学，戏剧，社会工作，热带海洋及环境化学，视觉艺术，（双学位）文学和法学，文学和科学，心理学和教育学，科学和法学，生理学和科学，（专科）商业设计美术，摄影学，博物馆研究，女性研究。
MBA：只需一年即可完成。
杰出课程：热带兽医学，海洋生物学，应用科学
大学医学院为学生提供6学年度的本科生课程（博士水平），是在传统教学基础上增加重点在农村和土著的关键课程，此外还有热带医学课程。
大学工学院计算工程硕士课程将重点培养截至2011年国际上奇缺的计算机仿真、数值模拟及计算分析高级人才。学校将为成绩优秀学生提供部分生活费奖学金。学生完成在澳学业后有望在汽车、机械、航空航天、造船、土木建筑、国防、材料、矿冶、环境等中大型跨国公司获取工作机会。毕业生起薪达到每年5至10万澳元。
移民加分：由于詹姆斯库克大学位于澳大利亚联邦政府重点移民地区，在詹姆斯库克大学完成两年以上学习并获取本科学士以上学科者，在技术移民打分上可望获取额外5分，从而使詹姆斯库克大学毕业生在获取绿卡方面具有极大的优势。
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