目前巴拉圭共有54所大学，国立8所，私立46所，总计开设了288个学院，1,610个学系。另外，根据巴国「国家科技委员会」（Conacyt）所公布的资料，本(2012)学年度全国大学注册总人数达303,539人，约占全国总人口4.5%，其中81%就读私立大学。然而，这些私校中有1个或1个以上的科系通过「国家高教评监认证中心」（Aneaes）考评的只有4所，包括天主教大学8系，以及北方大学（UniNorte）、巴拉圭自治大学（UAP）、浸信会医学院（CMB）各1系，而全国所有大学通过评监的系所加总起来也不到30个。
教育部主管高教事务次长莫里尼哥（Jose Nicolas Morinigo）承认「现在大家都是盲目地申请学校」，因此改善大学品质的第一步应在於讯息的透明化，令学子在决定申请哪一所学校及科系前，能掌握各校系的发展现况、硬体设备、教师素质、就业前景...等概况，故该部正在评估未来每6至12个月在网站上公布一份高教基本资讯的可行性。他相信这项做法实施後，假以时日在积极面可以产生促进校际竞争，从而提升品质的效果，消极面则会自然淘汰缺乏竞争力的校系，同时避免大学的过量设立。
另外，由於现行大学法规定大学享有自治权，因此教育部几乎完全无法干预校务，再加上新设大学的核可权控制在国会手中，更使得高教机构从设立、招生到颁发毕业证书都实质脱离了教育部的掌握。关於这个问题，莫里尼哥次长抨击各大学都把自治权当成一项绝对的主权，并做为拒绝政府插手的藉口。他认为大学的自治权只应该存在於教育部所划定的范围之内，并非全无限制。目前看来，巴国高教的沉?只有等待国会审议中的高教法通过後才可能出现转变，但令人忧心的是该法草案现已陷入各既得利益派系的角力之中，不仅短期内难以过关，日後即使通过，内容也未必符合社会的期望。
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