长期以来，巴拉圭每年均有十多名学生获得古巴政府奖学金，就读该国专为中南美洲学生开设的「拉丁美洲医学院」（Escuela Latinoamericana de Medicina），但学成返国後却在学历采认上遭遇重大困难，因为负责是项业务的国立亚松森大学认为古巴的医师养成教育不够紮实，故直到目前为止，没有一人能获得亚大的学历采认。

巴国教育部次长席门内斯（Francisco Gimenez）指出，依照巴国大学法，某些领域经教育部授予学位後，即可获得执业资格，但这并不包括医事人员。在古巴的医学院的案例中，拉丁美洲医学院的学历可以获得该部承认，但这并不等同於获得执业许可，因为还必须履行卫生部所订定的实习条件，以及通过亚大的学历采认，二者缺一不可。

依据卫生部的规定，在国外获得学位的医事人员必须先在国内乡村医疗院所实习一年，并取得全国卫生协会（INS）的合格证书。至於学历采认，则是指亚大医学院对於古巴医科学生的修习科目及相关过程进行检视，以审核是否达到亚大本身及「南方共同市场」（Mercosur）的修业规范。席门内斯次长表示正与古巴政府进行协商，以便於让拉丁美洲医学院的课程安排及实习制度能符合巴国的要求。亚大医学院院长曼西尼（Anibal Peris Manccini）则指出该院会对学制不同的国外医科毕业生举办特别考试，但拉丁美洲医学院毕业生认为受到歧视而拒绝参加。

事实上，古巴医科毕业生的专业能力在其他拉美国家也深受质疑。例如在智利2011年医师资格国家考试（Eunacom）中，古巴医科毕业生的通过率不到20%，整体平均分数只有39分（满分100）。相对地，智利本国大学医科毕业生的通过率则高达98%，平均分数74分。

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